Школа-інтернат організована на базі Бердичівського дитячого будинку № 2 в 1960 році. Навчання в школі розпочато 1 вересня 1960 року. Школа складалася з двох спальних корпусів, навчального корпусу, їдальні, підсобних приміщень: складів, лазні, овочесховища, крольчатника, свинарника тощо.
На момент відкриття в навчальному корпусі нараховувалось 20 класних кімнат, три кабінети (хімічний, фізичний, біологічний), піонерська кімната, ленінська кімната, пристосований спортзал.
Крім того, були обладнані кабінети, які розраховані на меншу кількість місць, а саме: кабінет іноземної мови, математичний кабінет, кабінет мови і літератури.
В школі функціонували майстерні: по металу, по дереву, майстерня для проведення уроків домоводства.
В жилих корпусах нараховувалося 40 спальних кімнат загальною площею 2210 кв.метрів, розрахованих на 660 учнів.
В школі працювало 30 учителів та 43 вихователі, 63 техпрацівника. В школі діяв медпункт, в якому працювали лікар, 2 медсестри та 3 санітарки. Школа мала свою бухгалтерію, в якій працювало 3 чоловіки.
Відповідно до наказу управління освіти і науки Житомирської облдержадміністрації від 16.05.2005 року за № 139к було здійснено реорганізацію Бердичівської загальноосвітньої школи-інтернату І-ІІІ ступенів Житомирської обласної ради у Бердичівську загальноосвітню школу-інтернат І-ІІІ ступенів для дітей-сиріт і дітей, позбавлених батьківського піклування, Житомирської обласної ради.
З 01 вересня 2005 року до 80 дітей-сиріт та дітей, позбавлених батьківського піклування, які навчалися у нашій школі-інтернаті, додалися вихованці усіх шкіл-інтернатів області (Житомирської, Ушомирської, Радомишльської та Новоград-Волинської) з числа дітей цієї категорії. Внаслідок цього кількість вихованців склала 314 дітей.
Відповідно до рішення Житомирської обласної ради від 19.05.2016 року були внесені зміни та затверджено у новій редакції Статут КНЗ «Бердичівська загальноосвітня школа-інтернат І-ІІІ ступенів».